調節好孵化器的溫度之後，即可將鸚鵡蛋擺入孵蛋器當中。當把它們放入孵化器的時候，要將每一個蛋都放在無菌紗布上（非必要），這樣可以防止蛋打滾。
為了盡量減少孵化器內部的細菌，可以使用戊二醛溶液或聚維酮碘溶液消毒內部和鸚鵡種蛋消毒，兌水比例1：300；這是萬無一失的消毒劑，可以殺滅許多常見的病原體，不要輕易使用其它的化學物質，它們散發的刺激氣味能夠滲入蛋殼內殺死雛鳥。
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鸚鵡蛋安全地擺入孵化器之後，就需要維持精確的溫度（37.8℃）和濕度（55%-75%）。保證孵化器內的水盤裝滿水，注意不要讓孵化器內部缺氧。可以每天用照蛋燈來檢查胚胎的發育情況。胚胎順利發育時，每天都會有新變化。
盡管孵化器可以設定為幾小時自動翻轉一次鳥蛋，但是還是應該每隔1~2天手工翻動一次。這是為了防止正在成長的胚胎粘在蛋膜上而死亡，孵蛋器出廠默認70/90分鐘轉動翻蛋一次。
應該輕柔地將蛋旋轉180度，有些飼養者在鳥蛋的兩面分別上面上X和O的標記，這樣可以更方便地目測出翻轉的角度。在蛋的側面翻轉，而不是翻轉它的底部。確定蛋較粗的一端在下方，較細的一端在上方。
在破殼前的3-4天，蛋中的氣室變化顯著。這個內部反應意味著雛鳥正破壞蛋膜進入氣室來呼吸空氣。在這個時候，你要停止翻轉鳥蛋，否則會使蛋殼內的雛鳥暈頭轉向。這時孵化器內的溫度可以調到33-35℃，相對濕度為70%~80%。
可以使用一個孵化器來孵化不同時間孵化的鸚鵡蛋（分批孵化）。但是必須知道怎麼處理同一個孵化器內各個處于不同發育階段的蛋。剛產下的蛋需要每天翻轉，而且需要的濕度較低;而準備破殼的蛋則不再需要翻轉，並且要求高濕度。如果沒有兩個分開的孵化器，就需要針對不同階段的蛋做出不同的處理。如果孵化器內有很快破殼的蛋，必須停止自動翻轉，將已經快要出殼的種蛋移到出雛網上，然後繼續手動/自動翻滾那些留在滾軸或蛋盤上還沒有破殼期的蛋，一天數次即可。
不同發育時期的蛋對濕度的需求也不一樣，就快破殼的蛋需要特別高的濕度，這個時候就要用噴蛋瓶，裝溫水噴蛋，可在溫水內滴一滴醋，目的是軟化蛋殼，鸚鵡寶寶更容易破殼而出，而且還要密切關注事態的發展。
記住，這是一個很不精確的方法。如果你需要孵化大量的鸚鵡蛋，那麼你最好再買一個孵化器或恆溫箱。
鸚鵡寶寶快要破殼而出時，應該能夠看到它的頭在氣室中來回移動。有些鸚鵡寶寶在這時會發出叫聲，因此還可能聽到隱隱約約的聲音。在這個時候盡可能不要移動這些蛋，蛋的翻轉和移動可能使鸚鵡寶寶迷失方向並且使破殼變得更加困難。
再過一天時間左右，你就能看到一個星型的裂口再氣室周圍出現。這意味著鸚鵡寶寶已經開始在蛋殼上鑿出一個洞了，這是一個艱難的歷程。鸚鵡寶寶用啄部上的堅硬而尖銳的乳齒在蛋殼上啄洞。乳齒會在雛鳥12周齡時從啄上脫落。
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